2001年7月,李肇星的父亲又离他而去。他再次回到生养他的故土，悲痛，深沉厚重。他在父亲的墓旁栽了两株黄花,在回北京的路上,写下这样十行字——枝叶的华诞/根须的阵痛/枝繁/是根的宽容/叶茂/是根的深情/山海谆谆/逝者静静/不忘根须的缠绵/师从泥土的厚重。 
      当好丈夫也当好父亲 
      李肇星笑谈在北大读书时，用一个苹果俘获了当时的同学、后来的妻子秦小梅的芳心。对于这段姻缘，秦小梅说：“我在大学期间始终坚持学习阶段应认真学习，不谈恋爱，后来，也许是缘分的安排，我和李肇星又同时分配到外交部。” 
      李肇星之所以能够吸引秦小梅，最重要的一点就是他心地特别善良，是个热心、有责任感的男人。当年，在北京大学西语系读书的时候，李肇星是班长，他对班里的每一个人都非常好。比如，第二天就要考试了，前一天晚上他还在帮成绩稍差的同学补习功课。“如果他光对我一个人好，我肯定会拒绝他。” 
      秦小梅表示，她这一生颇感欣慰的是成就了两个比较出色的男人，一个是丈夫李肇星，另一个就是她引以为荣的儿子李禾禾。 
      李肇星为了让儿子记住自己是庄稼人的后代，爱自己的故土，所以为他取名叫禾禾。2000年5月，当李禾禾还在美国宾夕法尼亚大学留学时，李肇星曾以一首诗表达对儿子的嘱托：别忘了你是谁/你是朋友的朋友/你是亲人的亲人/你是祖国的儿子/这是一切的根。 
      李禾禾曾在美国一家大型计算机公司工作。2003年12月与网友畅谈中国外交时，李肇星提到了他的儿子：“我的儿子和我不一样，他可能将来就愿意干他自己的事情，不大可能当公务员了，我想他兴趣不在这儿。”